Über Olivier
I am a Bioinformatician / Python dev / Data engineer, with a solid hands-on experience in cloud computing in AWS.
Searching for a bioinformatician to build robust, scalable pipelines in a few days?
As a Nextflow expert, I can leverage the most update-to-date Data / Cloud stacks to speed up your bioinformatics workflows and implement solid testing and deployment.
As a former PhD / Post-doc in wet lab biology, I am not only doing computer science for biology. I do understand the needs of biologists and I can leverage my developer skills to build ready to use web applications.
Technical skills:
- Bioinformatics: Nextflow (expert), genomics, transcriptomics, metagenomics, Galaxy (local implementation and administration of a Galaxy instance), Benchling, ImageJ
- Full-fledged general Python developer
- Data engineering: Polars, Pandas, AWS ECS / Batch / Glue, Airbyte, Dbt, Airflow
- AWS: IAM, EC2, S3, ECR, DynamoDB, ParallelCluster, StepFunctions
- Cloud: Terraform
- Dataviz: Dash plotly (very experienced, multiple apps déployed in production), MultiQC, matplotlib
- Devops: Docker, micromamba, Gitlab
- Warehouse: Postgres, Redshift
- Web: Dash (Flask), FastAPI, Celery, Django
- Experienced R developer
Reach out so we can discuss on your needs and on how we can collaborate to meet your objectives!
Französisch
Muttersprachlich oder zweisprachig
Englisch
Verhandlungssicher
Vor Ort möglich
Paris (bis zu 30 km)
Projekt- und Berufserfahrung
- EGCE (CNRS)Post-doctoral researcherFORSCHUNGMai 2025 - Heute (1 Jahr und 1 Monat)Gif-sur-Yvette, FrankreichChromosome-level assembly of a large insect genome with high repeat content.Multiple Nextflow pipelines created for various projects.
- CenareoSoftware / Data engineerSOFTWARE-HERSTELLEROktober 2024 - Heute (1 Jahr und 7 Monate)Toulouse, FrankreichConstruction de processus ETL pour récupérer des données média d'utilisateurs depuis leurs comptes de réseaux sociaux. Intégration dans une app Django
- Micropep TechnologiesBioinformatician & Data EngineerJuli 2021 - September 2024 (3 Jahre und 3 Monate)Auzeville-Tolosane, FranceBio-informatician dedicated to finding the best targets for peptide molecules. Development of pipelines in AWS, management of SQL databases, setup of ETL workflows.
Bewertungen
Anne-Camille
Head of computational biology - Generare
Bewertet am 29.12.2025
Nous avons sollicité Olivier pour une PoC liée à une stack technique courante en bioinfo mais rare dans d'autres domaines data afin d'explorer différentes solutions de déploiements Cloud, avec une emphase particulière sur la capacité à scale. Olivier a parfaitement compris nos attentes et a réussi à livrer des résultats exploitables dans les temps. Notre point de contact a eu une indisponibilité imprévue mais ça n'a pas impacté la qualité du travail d'Olivier, ce qui témoigne de son sérieux et de son autonomie.
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Ausbildung und Abschlüsse
- DoctoratUniversité Paris-Saclay2018Thèse à l'INRAE de Versailles en biologie végétale
- IngénieurEcole Polytechnique2015Biologie, physique, informatique, mathématiques
Fähigkeiten
Kategorien
- Sonstige